承接上集于纽约大陆酒店中枪坠楼，大难不死的约翰·威克（基努·里维斯饰）越洋前往大阪大陆酒店，向经理兼老朋友岛津浩二（真田广之饰）求助。另一方面，高桌会的新领导人文森特·德·格拉蒙特侯爵（比尔·斯卡斯加德饰）决心斩草除根，他先对付纽约大陆酒店经理温斯顿（伊恩·麦克肖恩饰演），再逼使威克昔日战友该隐（甄子丹饰演）替他效力，誓要孤立威克。...

不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯 饰）对这个看似正常的现实世界产生了疑虑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。...

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。...

　随着科技的进步和发展，科学家们终于研究出了能将水转化为能源的神奇技术，研究人员们想将研究结果公之于众造福人类，却遭到了金主保罗（摩根·弗里曼 Morgan Freeman 饰）的反对。...

　供职于某生物科技公司的生物化学科学家威廉·福斯特（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰），长久以来一直致力于克隆技术的研究。虽然科研的道路上困难重重，但他距离最终的成功似乎只有一步之遥。谁知就在关键时刻，一场车祸摧毁了他的幸福人生。车祸中，妻子莫娜（爱丽丝·伊芙 Alice Eve 饰）和三个可爱的孩子命归黄泉，这令威廉痛不欲生。然而，科学家的本能又促使他快速冷静下来。他找到工作中的伙伴埃...

　第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗...

某晚，供职于普林斯顿大学的太空微生物学教授海伦•本森（Jennifer Connelly 饰）被警察和几名神秘人物带走，与她一同前往新泽西林伍德军校的还有业界内无数顶尖科学家。原来，NASA在探测外太空时发掘有一不明物体正飞速接近地球。不久，一个闪耀着白色光芒的物体莅临曼哈顿上空，并降落在纽约公园中央，百姓、科学家和军方将其团团围住。稍顷，一个与人类身形极其相似的外星人（基努•里维斯 Keanu ...

　康斯坦丁（奇诺•李维斯 Keanu Reeves 饰）生来就能看出游走在人间的恶魔与天使，这令年幼时的他十分痛苦，曾经自杀想以这种方式结束自己的痛苦。后来获悉了上帝与撒旦之间有过协议，谁也不能直接插足人间，只能间接诱使人们选择天堂与地狱，而自杀者不得上天堂，他便开始利用自己天赋的超能力帮助铲除人间的恶魔，以此祈求获得一张天堂的门票。...

二战结束后，思乡心切的大批美军士兵踏上旧金山港即投进久候的亲人的怀抱，但保罗•萨顿（基努•里维斯）久等仍不见其妻子的踪影，夕阳西沉时，他拖着孤单落寞的身躯走回家中，发掘妻子早已改变，她的眼里只剩金钱不再有他。...

　女医生凯特（桑德拉•布洛克 饰）因为工作繁忙，搬离了郊外的河边小屋。临走时她在信箱里放了一封信，希望下一位住客能帮忙处理信件。不久，她来到了旧址，发掘信箱里面有一封来自建筑师亚历克斯（基努•里维斯 饰）的来信，信一封接着一封。原来他们所处的年代相差了两年，他们惊奇之余更乐于成为对方的笔友，他们在不同的空间里，一次又一次感受对方的存在。随着爱情的滋生，亚历克斯决定要见凯特一面，但他们都不知道这场跨...