为了获得更多的蓝精灵精华，邪恶巫师格格巫（汉克·阿扎利亚 Hank Azaria 饰）制造了两个调皮捣蛋的灰色小精灵韦克茜（克里斯蒂娜·里奇 Christina Ricci 配音）和海库斯（JB·斯穆夫 J.B. Smoove 配音）。可是他无法从灰精灵那里提取精华，为此格格巫派出韦克茜混入大森林，绑架了即将迎来生日的蓝妹妹（凯蒂·派瑞 Katy Perry 配音），希望能从她口中拷问出蓝爸爸...

　　在广袤平静的原始森林中，愉快的蓝精灵们正在准备一年一度的蓝月亮节。而就在这欢喜忙碌的关头，他们的宿敌——邪恶的巫师格格巫（汉克·阿扎瑞亚 Hank Azaria 饰）和他的宠物阿兹猫闯入了蓝精灵的秘密领地。受到惊吓的蓝精灵四散而逃，其中可怜的笨笨（安东·尤金 Anton Yelchin 配音）则盲打误撞跑进了据说曾经死掉99个蓝精灵的瀑布进去。最终，笨笨连同营救他的蓝爸爸、蓝妹妹、聪聪等卷入了...